Las diferentes actividades humanas que se desarrollan en la región han generado en mayor o menor grado, cambios en la cobertura natural de la tierra, por la modificación de las condiciones locales de la cobertura vegetal natural.
Las actividades productivas se han caracterizado por ser fundamentalmente de tipo extractivo. Entre las más significativas prevalecen aquellas que están orientadas a la extracción de recursos minerales, principalmente los hidrocarburos, y los recursos del bosque como maderas y fauna silvestre.
Las zonas sobre las cuales las actividades se han desarrollado con mayor intensidad, se localizan en la parte andina y el piedemonte cordillerano.
En la parte andina se desarrollan actividades de explotación de calizas, las cuales a su vez están asociadas a una fuerte presión sobre los bosques para proveer la leña que alimenta los hornos para su transformación en cal. Igualmente se desarrollan actividades agropecuarias, siendo las agrícolas las de mayor incidencia.
En la parte de piedemonte también se desarrolla un importante número de actividades productivas asociadas con el mayor número de población asentada.
De acuerdo con el sistema de clasificación utilizado por el IDEAM para tipificar la cobertura y el uso del suelo, en la región se identifican las siguientes unidades:
- Bosque andino: propio de los escarpes de la cordillera por encima de los 1.000 m. sobre el nivel medio del mar, y algunas áreas de subpáramo y páramo. Para la región esta cobertura está estimada en 4.106 km2.
- Bosque basal amazónico: cubre la mayor parte del área de jurisdicción de CORPORAMAZONIA localizado en el piedemonte y la llanura. Corresponde a bosques poco intervenidos, o en los que el grado de afectación por parte de las poblaciones humanas ha sido bajo. Posee una composición florística muy heterogénea y gran diversidad de hábitats; se caracteriza por la presencia de numerosas especies de palmas y de plantas con hojas megáfilas y macrófilas.
Entre las comunidades vegetales más importantes se destacan: consociaciones de Bambusa sp. Heliconia spp. Calathea sp, y las asociaciones de Erythrina poeppigiana, la de Ceiba pentandra con Spondias mombin, la de Ficus glabrata, la de Bactris sp. y la asociación de Luehea seemanii con Copaifera officinalis y Scheelea sp. Además de las comunidades características de los bosques de galería con Erythrina fusca e Inga sp.
Los estimativos de esta cobertura en la región se calculan en un área aproximada de 186.177 km2, los cuales incluyen 3.337 km2 en Bosque de Galería y 1.179 km2 en Sabanas Herbáceas.
Los agroecosistemas, se caracterizan por un grado de intervención de aproximadamente el 50% sobre la cobertura original. Su estructura y composición varía dependiendo del tipo de actividades agrícolas y pecuarias que sobre ella se desarrollan. Están representados por una matriz de bosque, mezclado con rastrojos maduros, bosques secundarios y algunos cultivos limpios, semi-limpios y densos. Para estas coberturas se estima un área de 34.560 km2.
- Para la región se diferencian los agroecosistemas andinos localizado por encima de los 1.000 m M.S.L., prevalecen las actividades agrícolas con base en potreros limpios y cultivos semi-limpios, propios de las parte altas, que ocupan la parte más densamente poblada en el Valle de Sibundoy, con un área aproximada de 169 km2.
- Y, los Agroecosistemas basal y basal fragmentado, localizados por debajo de los 1.000 m M.S.L., principalmente en el piedemonte, con un área aproximada a los 34.391 km2. Las actividades prevalecientes sobre estas áreas están relacionadas con ganadería extensiva y semi‑extensiva, con mayor intensidad en el departamento de Caquetá; actividades agrícolas relacionadas con cultivos de plátano, yuca, maíz, caña, principalmente, algunas áreas destinadas a aprovechamientos forestales, y para el desarrollo de actividades petroleras, principalmente en el departamento de Putumayo. Igualmente es sobre esta misma zona en la cual se han establecido las principales áreas en cultivos con fines ilícitos.
El área en cuerpos de agua presentes en la región se estima en 2.400 km2, incluidos dentro de los agroecosistemas.